Parce que les deux mots ne se réfèrent pas au même système de classement : L'un désigne l'objet (la tomate) selon un classement culturel, l'autre selon un classement biologique.
Ainsi, une tomate est biologiquement un fruit, et culturellement un légume. De même, une pomme de terre est biologiquement un tubercule, et culturellement un légume.
Une orange ? C'est biologiquement un fruit et... culturellement un fruit :-)
À l'origine, le mot légume désignait un fruit (!) de la famille des légumineuses enfermé dans une cosse.
Par la suite, on a appelé ainsi, par contagion, toutes les plantes comestibles cultivées dans un potager, opposées par exemple à celles cultivées dans un verger : Les fruits.
Résumons :
Classement culturel :
Légume : Qui vient du potager.
Fruit : Qui vient du verger.
Classement biologique :
Fruit : Un organe de reproduction d'une plante.
Légumineuse : Un autre organe d'une plante.
=== Edit ===
Évitez de vous contenter de liens vers la wikipédia francophone pour toute réponse. Sans même parler de la remise au pas de cette encyclopédie par les lobbies et les professions structurées (cf. les articles sur les politiciens et partis politiques, l'astrophysique, etc.), ici elle a complètement tort, par exemple.